La formation de Master Chimie est accessible en alternance soit pour les deux années du Master (M1 & M2), soit uniquement pour la deuxième année. Les parcours permettant l'alternance sont : Chimie Analytique et Instrumentation (CAI), Chimie Santé (CS) et Chimie Verte (CV).
Les plannings (voir ci-dessous) sont organisés de telle sorte que l'alternance peut avoir lieu en dehors de la région toulousaine, car les périodes en entreprise sont regroupées par bloc de plusieurs semaines autour de la Toussaint, en fin d'année universitaire et au second semestre pendant 5 mois en M1 et 8 mois en M2.